A ocupação moura de Tavira entre os séculos VIII e XIII deixou as suas marcas na agricultura e na cultura da região. Essa influência ainda é visível hoje nos edifícios pintados de branco, nas portas mouras de Reixa e nos invulgares telhados de estilo oriental. Um castelo antigo, duas mesquitas e alguns palácios foram construídos pelos Mouros. A impressionante ponte de sete arcos não é considerada romana, mas esteve na base de uma ponte moura do século XII. Economicamente, esta foi uma boa época para Tavira, sendo que a cidade começou a destacar-se como um porto excelente para a entrada de marinheiros e pescadores.
Em 1242, D. Paio Peres Correia recuperou Tavira aos Mouros, numa batalha sangrenta. Esta pugna não foi mais do que uma retaliação pelo assassinato de seis cavaleiros da Ordem de S. João e de um artesão que caçava com eles. Com a recuperação da cidade por parte dos Cristãos, a maioria dos Mouros fugiu, mas o número reduzido dos que ficaram instalou-se num pequeno bairro, conhecido por Mouraria.
A população de Tavira foi dizimada com esta batalha. A Igreja de Santa Maria do Castelo contém o túmulo de D. Paio Peres Correia e dos seus cavaleiros. Este templo data do século XIII e a Torre do Relógio é uma remodelação do minarete mouro original. A cabeça esculpida de D. Paio Peres Correia, que morreu em 1275, pode ser vista no canto direito do edifício da Câmara Municipal.
No reinado de D. Manuel, 1520-1557, Tavira conheceu o estatuto de cidade. A sua localização estratégica foi de uma importância vital para as campanhas militares no Norte de África. Forneceu um hospital para os soldados feridos e o seu porto garantia o abastecimento. Foi por esta altura que a população aumentou e que a fixação foi estabelecida fora das muralhas da cidade. A porta da cidade, Porta de D. Manuel, foi aberta e ainda hoje pode ser vista ostentando orgulhosamente as armas reais. Foi, de facto, uma época próspera para Tavira, há, inclusive, registos que provam que em 1530 era a maior cidade do Algarve.
As campanhas do Norte de África foram abandonadas em meados do
século XVI e a importância deste reduto foi diminuindo, especialmente
depois do aluvião do Rio Gilão começar a dar problemas
às embarcações de grande porte que entravam no porto.
Uma última campanha no continente africano teve lugar durante o
reinado de D. Sebastião, de 1557 a 1578. O Forte do Rato, cujas
ruínas se encontram no lado Este da cidade, foi construído
na abertura do estuário para proteger Tavira dos piratas africanos,
particularmente agressivos, que ameaçavam todos os portos da costa
algarvia.
Uma epidemia de peste, em 1645-6, o aumento das lamas do Rio Gilão
e o terramoto de 1755 foram os principais responsáveis pelo declínio
económico desta cidade.
A pesca do atum e a indústria de conservas trouxe-lhe uma nova
vida nos séculos XIX e XX. Todavia, hoje, a prosperidade de Tavira
encontra-se renovada, tendo como base a pertença à União
Europeia, o turismo, o investimento estrangeiro e a pesca
